1、cell counting：盡量做到準確，會影響input結果。
2、cross link：甲醛的終濃度是1%，這個基本所有的protocol上都會強調。
3、resuspend cellswith SDS:一定要選用小的tip頭，在液面下吹打，否則很容易產生氣泡，后面的sonication就麻煩了。
4、sonication：ChIP中重要的一部分，合適的條件要自己摸索，可以一次嘗試不同次數的sonication，然后建議采用EZ-ChIP上推薦的方法看看sonication的效果如何。
5、加入salmon spermDNA/Protein A or G之前要先混勻，因為salmon sperm DNA是很粘稠的物質，若不混勻，后面你會發現beads的量不一樣，自然也會影響實驗的結果。
6、wash 的時候前面幾個步驟可以不用洗的太干凈，但后一個要盡量吸干凈，必要時可用gel loading tips吸。
7、含beads的samples離心時，有的protocol上推薦是1000rpm，45秒，但可以根據情況調整，但要注意轉速不能太快防止beads破碎。（當然如果采用的是magnetic的beads就不存在這個問題）
8、reverse crosslink可以是65°4個小時，也可以overnight。
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